법인세2026년 9월 30일

법인세 신고 후 국세청 사후검증, 무엇을 확인할까요?

법인세 신고, 끝났다고 끝난 것은 아닙니다. 인건비·증빙·특수관계인 거래·가지급금·상품권·법인카드까지 문제될 소지가 없는지 미리 확인해야 합니다.

국세청은 법인이 제출한 법인세 신고자료뿐만 아니라 전자세금계산서, 신용카드, 현금영수증 등 다양한 과세자료를 비교·분석하여 신고내용을 사후에 검증합니다.

따라서 법인세 신고를 할 때는 “비용으로 처리되는가?”뿐 아니라, “나중에 이 거래를 실제라고 증명할 수 있는가?”까지 생각해야 합니다.

대표적으로 다음과 같은 항목을 주의할 필요가 있습니다.


1. 친인척 인건비

대표이사나 주주의 가족이 실제로 회사에서 근무하고 있다면 급여를 지급하는 것 자체가 문제가 되지는 않습니다.

다만 실제 근무하지 않았거나, 근무 사실을 입증하기 어려운 경우에는 해당 인건비가 문제될 수 있습니다.

따라서 가족에게 급여를 지급하고 있다면, 실제로 어떤 업무를 수행했는지 확인할 수 있는 자료를 미리 갖추어 두는 것이 좋습니다.

  • 근로계약서 및 업무분장표

  • 출퇴근기록 및 근무일지

  • 업무보고서, 이메일 등 업무 수행자료

  • 급여 계좌이체 내역

  • 4대보험 및 원천세 신고자료


2. 적격증빙이 부족한 비용

법인의 비용 중 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 중 하나로 적격증빙이 없는 금액이 지나치게 많다면 실제 지출 여부와 사업 관련성을 확인받을 수 있습니다.

적격증빙을 받을 수 있는 거래라면 가급적 세금계산서·계산서·현금영수증 등을 수취하고,

적격증빙을 받을 수 없는 거래라면 계약서, 영수증, 거래명세서, 작업내역 등 실제 거래가 있었음을 확인할 수 있는 자료를 함께 보관하는 것이 좋습니다.

더불어, 가급적 현금으로 지급하기보다는 통장으로 이체하는 것을 추천합니다.

중요한 것은 “이 비용이 실제로 발생했고, 법인의 사업과 관련된 지출이라는 사실을 객관적으로 설명할 수 있는가?” 입니다.


3. 특수관계인과의 거래

특수관계인과 거래했다는 사실만으로 해당 거래가 문제가 되는 것은 아닙니다.

다만 특수관계인과의 거래는 거래가격이 적정한지, 실제 거래가 있었는지를 보다 주의해서 볼 필요가 있습니다.

국세청은 법인의 주주관계와 거래관계 등을 분석하여 법인간 특수관계 여부를 쉽게 파악할 수 있습니다.

따라서 특수관계인과 거래할 때에는 계약서, 거래내역, 가격 산정 근거 등을 갖추어 두는 것이 좋습니다.

특히 “왜 이 가격으로 거래했는가?”를 설명할 수 있어야 한다는 점이 중요합니다.


4. 가지급금 (=대표,주주가 법인에서 빌려간 돈)

가지급금은 법인 운영시에 가장 유의해야 하는 항목입니다.

대표이사 등 특수관계인에 대한 가지급금이 발생하면 세법상 인정이자가 계산되고, 관련 차입금의 지급이자가 손금불산입될 수도 있습니다.

또한 가지급금을 장기간 방치하다가 대표이사의 퇴임·청산·지분정리 등이 발생하면 미회수 가지급금의 소득처분 문제가 발생할 수 있습니다.

대표이사의 유고 시에는 보유한 주식의 가치에도 영향을 줄 수 있어 상속세 문제로 이어질 수 있습니다.

또한 법인의 신용평가시에도 불리하게 작용합니다.

즉, 가지급금은 단순히 재무제표에 남는 숫자가 아니라 법인세·소득세·상속세 및 법인의 재무관리와 연결되는 항목이므로 발생 단계부터 관리하는 것이 좋습니다.

💡가수금(=대표, 주주가 법인에 빌려준 돈)은 괜찮지 않나요?

그럴수도, 아닐 수도 있습니다.

우선 가수금이라는 부채가 쌓임에 따라 부채비율이 높아지기 때문에 신용평가에서 불리해집니다.

또한, 가수금은 빌려준 사람의 입장에선 채권=받을 돈 이므로, 상속 재산에도 포함되어 상속세 부담을 높일 수 있습니다.

더욱이 가수금이 많으면 국세청은 매출을 누락시킨 것이 아닌지 의심하므로, 세무조사 대상으로 선정될 수도 있습니다.


5. 상품권 구입내역

상품권을 대량으로 구입하는 법인이라면 누구에게, 언제, 어떤 목적으로 지급했는지를 평상시에 관리해둘 필요가 있습니다.

국세청은 과거 법인세 신고 안내에서도 상품권 과다구입 법인을 개별 분석 대상으로 제시한 바 있습니다.

거래처 선물이나 고객 프로모션 등 사업 목적으로 구입했다면, 상품권 관리대장을 작성하여 구입·지급 내역을 명확하게 남겨두는 것이 좋습니다.


6. 법인카드 사용내역

법인카드로 학원비, 성형외과·피부과, 명품을 결제하는 등 개인적인 소비로 오해받기 쉬운 지출이 반복된다면 주의가 필요합니다.

물론 해당 업종에서 법인카드를 사용했다는 이유만으로 비용이 부인되는 것은 아닙니다.

직원 복리후생, 업무상 행사, 광고·마케팅 등 사업과 관련된 지출이라면 그 사유를 설명하고 증명할 수 있어야 합니다.

결국 중요한 것은 사용처 자체보다 그 지출이 법인의 사업과 어떤 관련이 있는지입니다.


이처럼 위험요소가 있는 거래가 있다면,

법인세 신고 전에 미리 점검하고 적절하게 대비하는 것이 좋습니다.

*본 내용은 2026년 현재 시행 법인세법 등을 기준으로 작성된 일반 정보로, 실제 적용시에는 전문가 자문을 통한 정밀 검토가 필요합니다.

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작성자: 세무사 오성은

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